Η MD Ναγκασάκι (ιαπωνικά: MD長崎) είναι μια ιαπωνική ποδοσφαιρική ομάδα εδρεύει στο Ναγκασάκι της Ιαπωνίας. Ιδρύθηκε το 1997 και εντάχθηκε στην J. League Division 2 το 2019. Η ομάδα αγωνίζεται στα εντός έδρας της παιχνίδια στο Στάδιο Τοντί Στάτιουμ. Το εθνόσημο της ομάδας απεικονίζει έναν φασόλο αζουκί που είναι παραδοσιακή φυτική καλλιέργεια του Ναγκασάκι.